Στη συντριπτική πλειοψηφία των περιπτώσεων, η βασική αιτία που προκαλεί κακοσμία στόματος στα παιδιά είναι μικρόβια που αναπτύσσονται στο στόμα και παράγουν δύσοσμες θειούχες πτητικές ενώσεις. Τα αίτια της κακοσμίας προέρχονται κατά 90% από καταστάσεις που βρίσκονται μέσα στο στόμα και κατά 10% από αίτια εκτός του στόματος.